Program MSparky jest odpowiedzialny za ekstrakcję z widm mas LC-MS wartości liczbowych reprezentujących względne ilości peptydów w próbkach. Etap ten jest kluczowy dla analizy ilościowej białek niewykorzystującej znakowania izotopami stabilnymi. Program działa w oparciu o reprezentację danych LC-MS w postaci dwuwymiarowych map oraz modele teoretyczne widm mas jonów peptydowych.



Podstawowe funkcje programu


Format danych wejściowych


Format danych wyjściowych


Implementacja

MSparky jest zmodyfikowaną wersją programu Sparky, pierwotnie przeznaczonego do analizy danych pochodzących ze spektroskopii NMR. Modyfikację dotyczą zarówno przystosowania programu do obsługi danych ze spektrometrii mas, jak opracowania szeregu rozszerzeń implementujących opracowane w ramach realizacji grantu algorytmy ich przetwarzania. Rozszerzenia te korzystają ze zintegrowany z programem interfejsu skryptowego języka Python.

Program został przygotowany w wersjach pracujących pod systemami operacyjnymi Windows, GNU/Linux oraz MacOS X.



Aktualna wersja

MSparky 3.112.15 18.02.2016 Windows Download
Linux (amd64) Download

Programy pomocnicze

Mergelists 2.0 18.05.2015 (dołaczony do MScan)



Dokumentacja


Opisy algorytmów

Algorytm wyszukiwania widm peptydów Download

Dokumentacja użytkowa

Wymagania, instalacja, uruchomienie i konfiguracja Download



Opis programu


Pliki


Autor


Tymon Rubel

Instytut Radioelektroniki
Politechnika Warszawska