MSparky [proteom.pl]

Program MSparky jest odpowiedzialny za ekstrakcję z widm mas LC-MS wartości liczbowych reprezentujących względne ilości peptydów w próbkach. Etap ten jest kluczowy dla analizy ilościowej białek niewykorzystującej znakowania izotopami stabilnymi. Program działa w oparciu o reprezentację danych LC-MS w postaci dwuwymiarowych map oraz modele teoretyczne widm mas jonów peptydowych.

Podstawowe funkcje programu

Wysokiej jakości wizualizacja dwuwymiarowej reprezentacji danych LC-MS dla wielu próbek jednocześnie.

Automatyczne wyszukanie położenia widm mas peptydów w pełnych widmach mas badanych próbek. Pozycja peptydów określana jest w oparciu o stopień dopasowania teoretycznych modeli widm do danych eksperymentalnych. W wyniku działania algorytmu wyszukiwania każdemu peptydowi przypisywany jest parametr ilościowy wyznaczony jako objętość dopasowanego modelu.

Udostępnianie użytkownikowi wyników list peptydów zawierających wyznaczone wartości ekspresji, pozycję widm oraz parametry świadczące o jakości dopasowania modeli teoretycznych do danych eksperymentalnych. Wyniki wyszukiwania nanoszone są również na reprezentację graficzną danych w postaci przypisanych widmom jonów etykiet zawierających sekwencje.

Umożliwienie automatycznej lub ręcznej weryfikacji wyników.

Podstawowe funkcje związane z przetwarzaniem (normalizacja) i wizualizacją (m. in. wykresy typu scatterplot) liczbowych wartości ekspresji.

Format danych wejściowych

dwuwymiarowe widma mas LC-MS w formacie UCSF (generowane przez program MSconvert) oraz teoretyczne modele widm mas zidentyfikowanych peptydów (generowane przez program MScan).

Format danych wyjściowych

zapis listy peptydów wraz z ich parametrami ilościowymi w formacie obsługiwanym przez program Diffprot

eksport rysunków obrazujących dwuwymiarową reprezentację danych LC-MS oraz wyniki ich przetwarzania w formatach PNG, JPEG, BMP oraz EPS.

Implementacja

MSparky jest zmodyfikowaną wersją programu Sparky, pierwotnie przeznaczonego do analizy danych pochodzących ze spektroskopii NMR. Modyfikację dotyczą zarówno przystosowania programu do obsługi danych ze spektrometrii mas, jak opracowania szeregu rozszerzeń implementujących opracowane w ramach realizacji grantu algorytmy ich przetwarzania. Rozszerzenia te korzystają ze zintegrowany z programem interfejsu skryptowego języka Python.

Program został przygotowany w wersjach pracujących pod systemami operacyjnymi Windows, GNU/Linux oraz MacOS X.