Wymagania

Program dostępny jest w wersjach przeznaczonych dla systemów operacyjnych Windows, Linux (osobne wersje dla systemów 32- i 64-bitowych) i MacOS X.



Instalacja

Instalacja w systemach Windows i Linux polega na rozpakowaniu zawartości archiwum z programem (odpowiednio MSparky.zip lub MSparky.tgz) do dowolnego katalogu.

W przypadku systemu MacOS X należy zamontować obraz dysku MSparky.dmg i przegrać jego zawartość do dowolnego katalogu.



Uruchomienie

Pod systemami Windows i Linux program może być uruchomiony za pomocą dwukrotnego kliknięcia na ikony skryptów startowych (odpowiednio msparky\bin\msparky.bat lub msparky/bin/msparky). Możliwe jest również uruchomienie skryptów z poziomu linii komend.

W systemie MacOS X program uruchamia się przez dwukrotne kliknięcie na ikonę MSparky.app.



Konfiguracja


Pliki konfiguracyjne

Ustawienia domyślne wybranych okien dialogowych programu MSparky mogą być zmieniane za pomocą odpowiadających im plików konfiguracyjnych, znajdujących się w katalogu msparky\config. Zawartość plików konfiguracyjnych może zostać zmieniona za pomocą dowolnego edytora tekstu. Linie zaczynające się od znaku "#" są traktowane jako komentarze.

Plik konfiguracyjny funkcji szukania peptydów (okno dialogowe Find peptides, plik findpeptides.cfg) zawiera następujące pola:


Plik konfiguracyjny listy peptydów (okno dialogowe Peptides list, plik peptideslist2.cfg) zawiera następujące pola:


Plik konfiguracyjny funkcji rysowania chromatogramu (okno dialogowe Chromatogram, plik chromatogram.cfg) zawiera następujące pola:



Domyślny katalog z danymi

Domyślny katalog z danymi określany jest przez wartość zmiennej powłoki SPARKYHOME, zdefiniowanej w skryptach startowych msparky\bin\msparky.bat (system Windows) lub msparky/bin/msparky (system Linux). Katalog wskazywany przez tą zmienną powinien zawierać trzy podkatalogi o nazwach: Save, Projects i Lists.



Programy pomocnicze

Program Mergelists służy do łączenia list peptydów będących wynikiem przeszukiwania widm przez program MSparky (pliki SAVE lub LIST) w pojedynczy zbiór danych w formacie wymaganym przez program MStat.

Program wywoływany jest dwukrotne kliknięcie na ikonę skryptu startowego (Mergelist.bat dla systemu Winsows lub DatViewer.sh dla systemów Linux i MacOS X). Możliwe jest również uruchomienie skryptów z poziomu linii komend.



Program odczytuje wszystkie pliki o rozszerzeniu zdefiniowanym w polu Input files ext. znajdujące się w katalogu Input directory i po połączeniu zapisuje w pliku o nazwie wybranej w polu Output file

.



Opis programu


Autor


Tymon Rubel

Instytut Radioelektroniki
Politechnika Warszawska