Program MSconvert dokonuje konwersji danych pomiarowych LC-MS na dwuwymiarowe mapy w formacie niezależnym od rodzaju stosowanego spektrometru. Mapy te są następnie wykorzystywane podczas analizy ilościowej zmian stężeń peptydów i białek w próbkach.
Podstawowe funkcje programu
- Konwersja bezpośrednich danych pomiarowych LC-MS pochodzących z różnych typów spektrometrów na uniwersalny format UCSF.
- Przetwarzanie wstępne widm mas w celu poprawy ich jakości. (kwantyzacja osi wartości m/z i czasu retencji, filtracja dolnoprzepustowa).
- Wykorzystanie wieloprocesorowości w celu przyspieszenia konwersji.
Format danych wejściowych
- Bezpośrednia konwersja danych pomiarowe pochodzących ze spektrometrów mas firm Thermo oraz Waters.
- Konwersja z formatu mzXML, co zapewnia kompatybilność z większością dostępnych na rynku przyrządów.
Format danych wyjściowych
- Dwuwymiarowe mapy reprezentujące widma mas próbek zapisywane są w formacie UCSF (opis formatu UCSF)
Implementacja
Program zrealizowany jest w języku C. Odczyt danych pochodzących ze spektrometrów Thermo i Waters wykorzystuje biblioteki dostarczane przez producentów sprzętu i możliwy jest tylko pod systemem operacyjnym Windows. Odczyt danych w formacie mzXML działa w systemie Windows, GNU/Linux oraz MacOS X.
Aktualna wersja
| MSconvert | 1.5.1 | 28.05.2014 |  Windows (32-bit) |
 |
| Windows (64-bit) |
|
Poprzednia wersja
| MSconvert | 1.4.6 | 29.09.2013 | Windows (32-bit) |
|
| Windows (64-bit) |
|
Dokumentacja
| Wymagania, instalacja, uruchomienie i konfiguracja |  |
Opis programu
Pliki
Autor
Tymon Rubel
Instytut Radioelektroniki
Politechnika Warszawska