Program do tworzenia plików UCSF na podstawie widm mas zapisanych w formacie mzXML oraz firmowych formatach Thermo i Waters.



Wymagania i instalacja

Pełna funkcjonalność programu dostępna jest jedynie w systemów operacyjnych z rodziny Microsoft Windows. Program testowany jest pod Windows XP oraz 7 (32- i 64-bit), ale powinien działać również pod innymi wersjami. Istnieją także wersje dla systemów Linux oraz MacOS X, jednak umożliwiają one jedynie konwersję z formatu mzXML.

Instalacja programu w systemie Windows polega na rozpakowaniu zawartości archiwum do dowolnego katalogu. Do konwersji z formatów Thermo i Waters konieczna jest obecność na komputerze bibliotek producenckich (Xrawfile2.dll firmy Thermo i DACServer.dll firmy Waters) oraz zarejestrowanie ich w systemie poprzez wywołanie znajdujących się w katalogu msconvert\libs skryptów install_thermo.bat i install_waters.bat.

W razie pojawienie się komunikatu błędu podczas wywołania skryptu install_thermo.bat należy zainstalować Visual C++ Redistributable for Visual Studio 2012 Update 4 (vcredist_x86 dla 32-bitowej wersji MSconvert lub vcredist_x64 dla wersji 64-bitowej).

Przed instalacją nowej wersji programu należy odinstalować bibiloteki producenckie z poprzedniej wersji (wywołując skrypty uninstall_thermo.bat i uninstall_waters.bat) i ponownie zainstalować biblioteki dostarczone z obecną wersją.

Uwaga dotycząca konwersji z formatu Thermo: biblioteka XRawfile2 ma kłopoty z polskimi ustawieniami regionalnymi. Aby mieć pewność, że konwersja odbywa się prawidłowo należy w panelu kontrolnym "Opcje regionalne i językowe" ("Regional and language options" w wersji anglojęzycznej Windows) wybrać język "Angielski (stany zjednoczone)" z listy w ramce "Standardy i formaty". Możliwe jest również pozostawienie poskich ustawień regionalnych po zmienieniu znaków separatora dziesiętnego i listy na, odpowiednio: kropke i przecinek.

Uwaga dotycząca konwersji z formatu Waters: biblioteka DACServer.dll działa tylko z 32-bitową wersją MSconvert.



Sposób wywołania

Program wywoływany jest z linii komend za pośrednictwem skryptów mzxml2ucsf.bat (konwersja mzXML→UCSF), waters2ucsf.bat (konwersja Waters→UCSF) oraz thermo2ucsf.bat (konwersja Thermo→UCSF).


Sposób wywołania jest jednakowy dla wszystkich skryptów:
mzxml2ucsf nazwa_pliku
waters2ucsf nazwa_pliku
thermo2ucsf nazwa_pliku
Możliwe jest wywołanie skryptów z wieloma argumentami odpowiadającymi nazwom kolejnych plików oraz stosowanie znaków uogólniających. Wynikowe pliki UCSF tworzone katalogu, w którym znajdują się pliki wejściowe.
Zamieszczony poniżej obrazek przedstawia przykładowy efekt wywołania skryptu thermo2ucsf.bat.

W zależności od rozmiarów widma i parametrów konwersji program może wymagać do działania znacznej ilości pamięci (zalecane jest posiadanie co najmniej 1GB). W wypadku pojawienia się komunikatu o braku pamięci należy zmniejszyć rozdzielczość lub zwiększyć liczbę sumowanych skanów w wyjściowym widmie.



Konfiguracja

Konfiguracja odbywa się poprzez edycję za pomocą dowolnego edytora tekstu skryptów mzxml2ucsf.bat, waters2ucsf.bat oraz thermo2ucsf.bat. Dostępne dla użytkownika parametry znajdują się w wydzielonej części na początku skryptów. Znaczenie poszczególnych parametrów opisane jest w poniższej tabeli:

MZMIN minimalna wartość m/z widma po konwersji. Wartość -1 oznacza minimalną wartość oryginalnego widma
MZMAX maksymalna wartość m/z widma po konwersji. Wartość -1 oznacza maksymalna wartość oryginalnego widma
MZSTEP szerokość przedziału m/z
MZ_FILTER szerokość filtru Gaussowskiego w kierunku osi m/z. Wartość 0 oznacza wyłączenie filtracji
RTMIN minimalny czas retencji widma po konwersji. Wartość -1 oznacza początek przebiegu
RTMAX maksymalny czas retencji widma po konwersji. Wartość -1 oznacza koniec przebiegu
RTSTEP liczba sumowanych skanów
RTSTEP_SEC liczba sumowanych skanów w sekundach(tylko skrypt thermo2ucsf). Jeżeli parametr ma wartość różną od 0, to ma wyższy priorytet od parametru RTSTEP
RT_FILTER szerokość filtru Gaussowskiego w kierunku osi czasu rentencji. Wartość 0 oznacza wyłączenie filtracji
THRESHOLD minimalna wysokość pików uwzględnianych przy konwersji na mzXML (tylko skrypt waters2ucsf)
VERBOSE wartość 1 włącza wyswietlanie komunikatow w trakcie konwersji
MP wartość 1 włącza obsługę wieloprocesorowości (tylko skrypt thermo2ucsf)



Opis programu


Autor


Tymon Rubel

Instytut Radioelektroniki
Politechnika Warszawska