MScan jest programem przeznaczonym do analizy danych o charakterze jakościowym, działającym w oparciu o generowane przez bazodanowy system Mascot listy peptydów i białek zidentyfikowanych w próbkach. Program jest również odpowiedzialny za przygotowanie danych do analizy ilościowej białek zarówno z wykorzystaniem znakowania izotopami stabilnymi, jak i bez znakowania izopotowego.
Podstawowe funkcje programu
- Prezentacja i łączenie wyników identyfikacji pochodzących z wielu próbek. Użytkownik może w szerokim zakresie wpływać na sposób prezentacji danych poprzez definiowanie podziału próbek na grupy odzwierciedlające różne warunki eksperymentalne, a także wybór sposobu formatowania i porządkowania list zidentyfikowanych peptydów i białek.
- Zapewnienie dostępu do wszystkich określanych przez system Mascot parametrów zidentyfikowanych sekwencji oraz możliwość wyznaczenia szeregu dodatkowych parametrów peptydów (teoretyczny czas retencji, punkt izoelektryczny, hydrofobowość, rozkład izotopowy) i białek (stopień pokrycia, teoretyczny podział na peptydy przez wybrany enzym proteolityczny).
- Kontrola jakości technicznej pomiaru w spektrometrze na podstawie parametrów rozkładów mas, czasów retencji oraz wartości punktów izolektrycznych peptydów.
- Normalizacja parametrów czasowych przebiegów chromatograficznych próbek, mająca na celu redukcję niekorzystnego wpływu niestabilności parametrów systemu HPLC.
- Estymacja procentu fałszywie pozytywnych identyfikacji peptydów oraz wyznaczanie q-wartości (będących miarą wiarygodności identyfikacji peptydów) w oparciu o przeszukiwanie baz danych typu target/decoy.
- Eliminacja ze zbioru wyników białek i peptydów nie spełniające zdefiniowanych przez użytkownika kryteriów w zakresie wiarygodności identyfikacji, częstości występowania w badanych próbkach, błędu określenia masy, odstępstwa od przewidywanego czasu retencji i teoretycznego punktu izoelektrycznego oraz szeregu innych parametrów.
- Redukcja redundancji wyników identyfikacji poprzez łączenie w grupy białek (klasteryzację) o sekwencjach wykazujących dużą homologię
- Możliwość łączenia się z ogólnodostępnymi bazami danych w celu uzyskania dodatkowych informacji o zidentyfikowanych białkach oraz pobrania ich sekwencji. W sposób bezpośredni obsługiwane są bazy danych NCBI, SwissProt oraz SGD. Dzięki zastosowaniu mechanizmu tłumaczenia pomiędzy identyfikatorami możliwe jest korzystanie ze wszystkich wymienionych baz, niezależnie od tego, która z nich była używana przez system Mascot przy przeszukiwaniu próbek.
- Analiza ilościowa zmian ekspresji białek w oparciu o wyniki eksperymentów wykorzystujących znaczniki izotopowe iTRAQ. W programie zaimplementowane są podstawowe funkcje związane z oceną statystyczną zmian stężeń białek. Możliwy jest również eksport wartości ilościowych w celu ich dokładniejszej analizy w programie Diffprot.
- Wyznaczanie teoretycznych modeli widm mas jonów peptydowych. Modele te są następnie wykorzystywane przez program MSparky podczas analizy ilościowej bez znakowania izotopami stabilnymi.
- Program wykorzystuje wieloprocesorowość w celu zwiększenia efektywności przetwarzania danych.
Format danych wejściowych
- Pliki z wynikami identyfikacji system Mascot w formacie DAT.
- Pliki z raportami o wynikach sekwencjonowania systemu Mascot w formacie HTML.
- Import plików zawierających sekwencje aminokwasowe białek w formacie FASTA.
Format danych wyjściowych
- Zapis list zidentyfikowanych peptydów i białek wraz z ich parametrami w formatach HTML, PDF, XLS, ODS, CSV oraz w postaci plików tekstowych.
- Zapis teoretycznych modeli widm mas peptydów w formacie wymaganym przez przez program MSparky.
- Zapis informacji ilościowych pochodzących z eksperymentów wykorzystujących znakowanie iTRAQ w formacie wymaganym przez przez program Diffprot.
- Eksport rysunków ze statystykami i wynikami działania algorytmów przetwarzania danych w formatach PNG, JPEG, BMP oraz EPS.
Wersja stabilna
| MScan | 2.0.5 | 15.09.2021 |    |
 |
Wersja testowa
| MScan | 3.0 | 20.01.2023 | Windows |
|
| Linux |
 |
|||
| macOS |
 |
Wymagania, instalacja i uruchomienie