MSparky [proteom.pl]

Program MSparky jest odpowiedzialny za ekstrakcję z widm mas LC-MS wartości liczbowych reprezentujących względne ilości peptydów w próbkach. Etap ten jest kluczowy dla analizy ilościowej białek niewykorzystującej znakowania izotopami stabilnymi. Program działa w oparciu o reprezentację danych LC-MS w postaci dwuwymiarowych map oraz modele teoretyczne widm mas jonów peptydowych.

Podstawowe funkcje programu

Wysokiej jakości wizualizacja dwuwymiarowej reprezentacji danych LC-MS dla wielu próbek jednocześnie.

Automatyczne wyszukanie położenia widm mas peptydów w pełnych widmach mas badanych próbek. Pozycja peptydów określana jest w oparciu o stopień dopasowania teoretycznych modeli widm do danych eksperymentalnych. W wyniku działania algorytmu wyszukiwania każdemu peptydowi przypisywany jest parametr ilościowy wyznaczony jako objętość dopasowanego modelu.

Udostępnianie użytkownikowi wyników list peptydów zawierających wyznaczone wartości ekspresji, pozycję widm oraz parametry świadczące o jakości dopasowania modeli teoretycznych do danych eksperymentalnych. Wyniki wyszukiwania nanoszone są również na reprezentację graficzną danych w postaci przypisanych widmom jonów etykiet zawierających sekwencje.

Umożliwienie automatycznej lub ręcznej weryfikacji wyników.

Podstawowe funkcje związane z przetwarzaniem (normalizacja) i wizualizacją (m. in. wykresy typu scatterplot) liczbowych wartości ekspresji.

Format danych wejściowych

dwuwymiarowe widma mas LC-MS w formacie UCSF (generowane przez program MSconvert) oraz teoretyczne modele widm mas zidentyfikowanych peptydów (generowane przez program MScan).

Format danych wyjściowych

zapis listy peptydów wraz z ich parametrami ilościowymi w formacie obsługiwanym przez program Diffprot

eksport rysunków obrazujących dwuwymiarową reprezentację danych LC-MS oraz wyniki ich przetwarzania w formatach PNG, JPEG, BMP oraz EPS.