Program Decoy umożliwia przygotowanie baz danych typu target/decoy, wykorzystywanych podczas estymacji procentu fałszywych identyfikacji w wynikach sekwencjonowania.
Podstawowe funkcje programu
- Tworzenie rozdzielnych lub łączonych baz typu target/decoy w oparciu o informacje o sekwencjach białek zgromadzone we wzorcowej bazie danych. Pozbawione sensu biologicznego rekordy bazy decoy mogą być generowane na podstawie sekwencji rzeczywistych białek poprzez ich odwrócenie lub w sposób losowy, zachowujący jednak cechy globalne i lokalne oryginalnych sekwencji (przy użyciu łańcucha Markowa).
- Możliwość utworzenia bazy decoy w oparciu o wszystkie sekwencje z bazy wzorcowej, lub tylko te pochodzące z wybranego gatunku.
- Graficzny interfejs użytkownika ułatwiający wybór wejściowej bazy danych oraz wybór metody generacji bazy typu target/decoy.
Format danych wejściowych
- Pliki ze zbiorami sekwencji aminokwasowych białek w formacie FASTA.
Format danych wyjściowych
- Bazy danych sekwencji aminokwasowych białek w formacie FASTA.
Aktualna wersja
| Decoy | 1.4.1 | 28.03.2011 |  Windows |
 |
 Linux x86-64 |
|
Dokumentacja
| Instrukcja osługi |  |
Opis programu
Pliki
Autor
Michał Kistowski
Instytut Biochemii i Biofizyki
PAN