Program DatViewer przeznaczony jest do przetwarzania wstępnego zbiorów widm fragmentacyjnych LC-MS/MS, będących podstawą identyfikacji peptydów i białek występujących w próbkach. Celem przetwarzania jest maksymalizacja liczby wiarygodnie zidentyfikowanych białek oraz ograniczenie czasu przeszukiwania bazy danych przez system identyfikacji.
Podstawowe funkcje programu
- Eliminacja ze zbiorów danych widm fragmentacyjnych, których niska jakość nie pozwala na wiarygodne przypisanie sekwencji aminokwasowych i może być przyczyna fałszywych identyfikacji. Filtracja realizowana jest przez algorytm wykorzystujący sieć neuronową o strukturze i wagach dostosowanych do charakterystyk danych pochodzących z różnych typów spektrometrów.
- Minimalizacja systematycznych błędów pomiarowych poprzez kalibrację mas jonów fragmentacyjnych i macierzystych .
- Estymacja optymalnych parametrów przeszukiwania bazy danych sekwencji aminokwasowych białek.
- Graficzny interfejs użytkownika umożliwiający jednoczesną wizualizację i przetwarzanie wielu zbiorów danych.
- Program wykorzystuje wieloprocesorowość w celu zwiększenia efektywności przetwarzania danych.
Format danych wejściowych
- Zbiory widm MS/MS w postaci list pików w foratach MGF lub APL.
- Pliki z wynikami identyfikacji system Mascot w formacie DAT.
Format danych wyjściowych
- Przetworzone zbiory danych zapisywane są w formacie MGF umożliwiającym bezpośredni import do systemu identyfikacji białek Mascot. Nagłówki plików wynikowych zawierają wyznaczone przez program parametry przeszukania.
- Eksport rysunków ze statystykami i wynikami działania algorytmów przetwarzania danych w formatach PNG, JPEG, BMP oraz EPS.
Aktualna wersja
| DatViewer | 2.0.1 | 16.05.2018 |    |
(dołaczony do MScan) |
Wersja testowa
| DatViewer | 3.0 | 03.01.2023 | Windows |
 |
| Linux |
 |
|||
| macOS |
 |
Wymagania, instalacja i uruchomienie