Program do tworzenia plików UCSF na podstawie widm mas zapisanych w formacie mzXML oraz firmowych formatach Thermo i Waters.
Wymagania i instalacja
Pełna funkcjonalność programu dostępna jest jedynie w systemów operacyjnych z rodziny Microsoft Windows. Istnieją także wersje dla systemów Linux oraz MacOS X, jednak umożliwiają one jedynie konwersję z formatu mzXML.
Instalacja programu w systemie Windows polega na rozpakowaniu zawartości archiwum do dowolnego katalogu. Do konwersji z formatów Thermo i Waters konieczna jest obecność na komputerze bibliotek producenckich (Xrawfile2.dll firmy Thermo i DACServer.dll firmy Waters) oraz zarejestrowanie ich w systemie poprzez wywołanie znajdujących się w katalogu msconvert\libs skryptów install_thermo.bat i install_waters.bat.
W razie pojawienie się komunikatu błędu podczas wywołania skryptu install_thermo.bat należy zainstalować Visual C++ Redistributable for Visual Studio 2012 Update 4 (vcredist_x86 dla 32-bitowej wersji MSconvert lub vcredist_x64 dla wersji 64-bitowej).
Przed instalacją nowej wersji programu należy odinstalować bibiloteki producenckie z poprzedniej wersji (wywołując skrypty uninstall_thermo.bat i uninstall_waters.bat) i ponownie zainstalować biblioteki dostarczone z obecną wersją.
Uwaga dotycząca konwersji z formatu Thermo: biblioteka XRawfile2 ma kłopoty z polskimi ustawieniami regionalnymi. Aby mieć pewność, że konwersja odbywa się prawidłowo należy w panelu kontrolnym "Opcje regionalne i językowe" ("Regional and language options" w wersji anglojęzycznej Windows) wybrać język "Angielski (stany zjednoczone)" z listy w ramce "Standardy i formaty". Możliwe jest również pozostawienie poskich ustawień regionalnych po zmienieniu znaków separatora dziesiętnego i listy na, odpowiednio: kropke i przecinek.
Uwaga dotycząca konwersji z formatu Waters: biblioteka DACServer.dll działa tylko z 32-bitową wersją MSconvert.
Sposób wywołania
Program wywoływany jest z linii komend za pośrednictwem skryptów mzxml2ucsf.bat (konwersja mzXML→UCSF), waters2ucsf.bat (konwersja Waters→UCSF) oraz thermo2ucsf.bat (konwersja Thermo→UCSF).
Sposób wywołania jest jednakowy dla wszystkich skryptów:
Możliwe jest wywołanie skryptów z wieloma argumentami odpowiadającymi nazwom kolejnych plików oraz stosowanie znaków uogólniających. Wynikowe pliki UCSF tworzone katalogu, w którym znajdują się pliki wejściowe.
mzxml2ucsf nazwa_plikuwaters2ucsf nazwa_plikuthermo2ucsf nazwa_pliku
Zamieszczony poniżej obrazek przedstawia przykładowy efekt wywołania skryptu
thermo2ucsf.bat.
W zależności od rozmiarów widma i parametrów konwersji program może wymagać do działania znacznej ilości pamięci. W wypadku pojawienia się komunikatu o braku pamięci należy zmniejszyć rozdzielczość lub zwiększyć liczbę sumowanych skanów w wyjściowym widmie.
Konfiguracja
Konfiguracja odbywa się poprzez edycję za pomocą dowolnego edytora tekstu skryptów mzxml2ucsf.bat, waters2ucsf.bat oraz thermo2ucsf.bat. Dostępne dla użytkownika parametry znajdują się w wydzielonej części na początku skryptów. Znaczenie poszczególnych parametrów opisane jest w poniższej tabeli:
MZMIN | minimalna wartość m/z widma po konwersji. Wartość -1 oznacza minimalną wartość oryginalnego widma |
MZMAX | maksymalna wartość m/z widma po konwersji. Wartość -1 oznacza maksymalna wartość oryginalnego widma |
MZSTEP | szerokość przedziału m/z |
MZ_FILTER | szerokość filtru Gaussowskiego w kierunku osi m/z. Wartość 0 oznacza wyłączenie filtracji |
RTMIN | minimalny czas retencji widma po konwersji. Wartość -1 oznacza początek przebiegu |
RTMAX | maksymalny czas retencji widma po konwersji. Wartość -1 oznacza koniec przebiegu |
RTSTEP | liczba sumowanych skanów |
RTSTEP_SEC | liczba sumowanych skanów w sekundach(tylko skrypt thermo2ucsf). Jeżeli parametr ma wartość różną od 0, to ma wyższy priorytet od parametru RTSTEP |
RT_FILTER | szerokość filtru Gaussowskiego w kierunku osi czasu rentencji. Wartość 0 oznacza wyłączenie filtracji |
THRESHOLD | minimalna wysokość pików uwzględnianych przy konwersji na mzXML (tylko skrypt waters2ucsf) |
VERBOSE | wartość 1 włącza wyswietlanie komunikatow w trakcie konwersji |
MP | wartość 1 włącza obsługę wieloprocesorowości (tylko skrypt thermo2ucsf) |